دانشگاه تهران مجله تحقیقات دامپزشکی (Journal of Veterinary Research) 2008-2525 81 3 2026 09 23 Transcriptomic Analysis of Molecular Features in Canine parvoviral Enteritis Based on Gene Expression Profiling بررسی ترانسکریپتومی ویژگی‌های مولکولی انتریت پاروویروسی در سگ‌ برپایه پروفایل بیان ژنی 201 212 107306 10.22059/jvr.2025.396797.3521 FA ناهید عسکری گروه بیوتکنولوژی، پژوهشکده علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری‌های پیشرفته، کرمان، ایران 0000-0002-9462-1144 مرتضی هادی زاده پژوهشکده علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری‌های پیشرفته، کرمان، ایران 0000-0002-8866-0737 داریوش وثوق گروه علوم بالینی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران 0000-0002-9462-1144 علی شفیعی پور دانش آموخته، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران 0000-0002-7413-9318 Journal Article 2026 04 21 BACKGROUND: Chronic inflammatory enteropathy (CIE) in dogs refers to a disorder characterized by chronic intestinal inflammation. It can lead to symptoms such as persistent diarrhea, vomiting, weight loss, and anorexia. Various factors, including food allergies, infections, and immune disorders, typically cause the disease. Accurate diagnosis and appropriate treatment are essential for improving the quality of life and health of affected dogs.OBJECTIVES: This research investigates the molecular mechanisms and gene expression patterns in CIE using bioinformatics methods and molecular experiments.METHODS: Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data from healthy dogs and dogs with CIE were processed and normalized using the Seurat package version 3. After identifying 20 distinct cell clusters, the expression of key genes associated with major signaling pathways was evaluated by RT-qPCR in 35 samples (25 diseased and 10 control).RESULTS: Comparing gene expression between CIE (4 samples) and healthy samples (3 samples) yielded 385 differentially expressed genes (DEGs). KEGG pathway analysis revealed a key signaling pathway associated with Human T-cell Leukemia Virus type 1 (HTLV-1) infection, involving 217 genes. Among these, 15 genes were of particular importance in this study. These findings, confirmed by bioinformatic methods, provide deeper insight into genetic regulation in CIE and suggest mechanisms that affect cellular function. RT-qPCR results showed that EGR2 was upregulated in diseased samples, while CSF2 and ETS2 were downregulated. NFKBIA also showed a significant decrease. Conversely, the overexpression of SLC2A1 and NFATC4 indicated their roles in glucose metabolism and immune regulation.CONCLUSIONS: The present study revealed that dysregulation of signaling pathways associated with viral infection and the immune response, including the cfa05166 and JAK-STAT pathways, plays a pivotal role in the pathogenesis of this enteropathy, which could pave the way for the development of diagnostic biomarkers and novel therapeutic approaches. زمینه مطالعه: بیماری انتروپاتی التهابی مزمن (Chronic Inflammatory Enteropathy) یا CIE در سگ‌ها به اختلالی اشاره دارد که با التهاب مزمن در روده‌ها همراه است و می‌تواند به علائمی مانند اسهال مداوم، استفراغ، کاهش وزن و بی‌اشتهایی منجر شود. این بیماری معمولاً به‌علت عوامل مختلفی، ازجمله حساسیت‌های غذایی، عفونت‌ها و اختلالات ایمنی ایجاد می‌شود و تشخیص و درمان مناسب آن برای بهبود کیفیت زندگی و سلامت سگ‌ها ضروری است.هدف: مطالعه حاضر به بررسی مکانیسم‌های مولکولی و الگوهای بیان ژن در بیماری CIE با استفاده از روش‌های بیوانفورماتیکی و آزمایش‌های مولکولی می‌پردازد.روش‎کار: در مطالعه حاضر، داده‌های توالی‌یابی RNA تک‌سلولی (scRNA-seq) مربوط به نمونه‌های سگ‌های سالم و مبتلا به انتروپاتی التهابی مزمن (CIE) با استفاده از پکیج Seurat نسخه ۳ پردازش و نرمال‌سازی شدند و پس از شناسایی ۲۰ خوشه سلولی مجزا، بیان ژن‌های کلیدی مرتبط با مسیرهای سیگنالینگ اصلی با روش RT-qPCR در ۳۵ نمونه (۲۵ نمونه بیمار و ۱۰ نمونه کنترل) مورد ارزیابی قرار گرفت.نتایج: نتایج آنالیز بیوانفورماتیک ۳۸۵ ژن با بیان تفاوت‌دار معنی‌دار (05/0>adjusted P) را شناسایی کرد که غنی‌سازی Pathway آن‌ها مسیر سیگنالینگ عفونت ویروس لوسمی سلول T انسانی (cfa05166) را نشان داد و validation با RT-qPCR تغییرات معنی‌دار ژن‌های کلیدی این مسیر، از‌جمله افزایش پنج برابری EGR2 (01/0>‌P) و کاهش ۳/۳ برابری NFKBIA (‌05/0>‌P‌) را تأیید کرد که نقش آن‌ها متابولیسم گلوکز و تنظیم ایمنی بود.نتیجه­گیری نهایی: مطالعه حاضر نشان داد اختلال در تنظیم مسیرهای سیگنالینگ مرتبط با عفونت ویروسی و پاسخ ایمنی، از‌جمله مسیر cfa05166 و JAK-STAT نقش محوری در پاتوژنز بیماری ایفا می‌کند که می‌تواند زمینه‌ساز توسعه بیومارکرهای تشخیصی و رویکردهای درمانی نوین برای این بیماری باشد. https://jvr.ut.ac.ir/article_107306_dc0d0d924687fe701e646470aee24071.pdf