شناسایی و بررسی خصوصیات چند شکلی تک نوکلئوتیدی در ناحیه پروموتر ژن اینترلوکین–8 در گاوهای بومی و هلشتاین ایران

نویسنده

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی دانشگاه یاسوج،‌یاسوج–ایران

چکیده

زمینه مطالعه: اینترلوکین–8، سیتوکین پیش التهابی، پروتیین کوچکی است که نقش آن جذب و فعال کردن نوتروفیل‌ها در مراحل اولیه دفاع میزبان در مقابل هجوم باکتری‌ها است. چند شکلی تک نوکلئوتیدی در ناحیه پروموتر ژن اینترلوکین–8 می‌تواند با تأثیر بر فرآیند رونویسی این ژن، نقش و فعالیت آن را تحت تأثیر قرار دهد. هدف:  شناسایی و بررسی چند شکلی‌های تک نوکلئوتیدی در ناحیه پروموتر این ژن در گاوهای بومی و هلشتاین بوده است. روش کار: بخشی از ناحیه پروموتر ژن اینترلوکین–8 توسط تکنیک تفاوت فرم فضایی رشته‌های منفرد ‌(SSCP)‌ در گاوهای دو نژاد تعیین ژنوتیپ شد. سپس هر الگوی مشاهده شده تعیین توالی شد و همترازی بین توالی‌ها جهت شناسایی چند شکلی‌های تک نوکلئوتیدی صـورت گـرفـت. همچنیـن، تجـزیـه و تحلیل بیوانفورماتیکی جهت بررسی ارتباط چند شکلی‌های تک نوکلئوتیدی برراندمان اتصال فاکتورهای رونویسی در ناحیه تکثیر شده صورت گرفت. نتایج: در این مطالعه، در کل نمونه‌های بررسی شده تعداد 4 الگوی ‌(SSCPs)‌ مجزا مشاهده شد که با تعیین توالی نوکلئوتیدی آنها تعداد 2 چند شکلی تک نوکلئوتیدی در جایگاه‌های 126– و 180– قبل از شروع رونویسی آشکار شد که چندشکلی تک نوکلئوتیدی جایگاه 126– تنها درگاوهای بومی مشاهد شد. بررسی بیوانفورماتیکی چند شکلی‌های شناسایی شده روی جایگاه فاکتورهای رونویسی نشان داد که جایگزینی نوکلئوتیدها در جایگاه‌های 126– و 180– به ترتیب منجر به ایجاد جایگاه اتصال برای فاکتورهای رونویسی 2Ik-‌ و ‌1Oct- شد. نتیجه گیری نهایی:  امکان نقش کاربردی چندشکلی‌های شناسایی شده در فعالیت این ژن باید با استفاده از آزمون بیان ژن به اثبات برسد. مطالعات بیشتری جهت ارزیابی چند شکلی‌های شناسایی شده بر روی صفات مقاومت به بیماری در گاو مورد نیاز می‌باشد.
 

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Identification and characterization of single nucleotide polymorphisms in the promoter region of bovine IL-8 gene in Iranian native and Holstein cattle

نویسنده [English]

  • Mustafa Muhaghegh Dolatabady
Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture, University of Yasouj, Yasouj-Iran
چکیده [English]

BACKGROUND: IL-8, a proinflammatory cytokine, is a small protein that attracts and activates neutrophils in the early stages of host defense against bacterial invasion. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the promoter region of IL-8 gene can influence this gene transcription process and consequently its role and function. OBJECTIVES: The aim of this study was to identify and analyze SNPs in the promoter region of IL-8 gene in Iranian native and Holstein cattle breeds (Bos Taurus). METHODS: A part of promoter region of IL-8 gene was screened by single strand conformation polymorphism (SSCP) method and DNA sequencing. The multiple alignments were carried out for the nucleotide sequences of different SSCP patterns. In silico analysis was conducted to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) within the promoter region of bovine IL-8 gene was screened, to identify any association with transcription factor binding. RESULTS: A total of 4 distinct SSCP patterns were observed which by determining the nucleotide sequence, 2 SNPs were found at positions -126 and -180. The SNP at position -126 was found only in the native breed. The in silico analysis on location of transcription factors showed that SNPs identified at -126 and -180 created putative binding sites for Ik-2 and Oct-1 transcription factors, respectively. CONCLUSIONS: The possible functional role of identified SNPs in this gene activity should be proved using gene expression analysis. Further studies required to evaluate the identified SNPs for disease resistant traits in cattle.
 

کلیدواژه‌ها [English]

  • IL-8
  • SNPs
  • promoter region
  • SSCP
  • transcription factors

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار