تعیین پاتوتیپ جدایه‌های اشریشیا کلی ‌از گوساله و طیو ر در ایران با استفاده از روش ریزآرایه DNA

نویسندگان

1 گروه میکرب شناسی، دانشکده دامپزشکی دانشگاه سمنان

2 گروه میکر ب‌شناسی،‌دانشکده دامپزشکی دانشگاه تهران

3 گروه ویروس شناسی، موسسه تحقیقاتی VLA

4 گروه بیوتکنولوژی، موسسه تحقیقاتی IZS

چکیده

زمینه مطالعه: ردیابی ژن‌های مربوط به عوامل حدت که در یک سویه از اشریشیا کلی‌‌حضور دارند جهت تعیین پروفایل ژنوتیپی و همچنین قرارگیری سویه در پاتوتیپی خاص از اهمیت فوق العاده‌ای برخوردار است.

هدف: هدف از انجام این مطالعه تعیین پاتوتیپ جدایه های مختلف ‌E. coli جدا شده از گوساله‌ها و طیور بومی ایران با استفاده از تکنیک ریزآرایه می باشد.

روش کار: در مطالعه حاضر تعداد 67 جدایه از اشریشیا کلی ‌پـس از جـداسـازی، با استفاده از روش نوین ریزآرایه DNA (DNA Microarray) جهت تعیین پاتوتیپ هر جدایه مورد بررسی قرار گرفتند. در آرایه مورد استفاده پروب‌های ژنی مرتبط با 263 فاکتور حدت مختلف اشریشیا کلی‌‌قرار داشتند.

نتایج: نتایج حاصل نشان دهنده این امر بود که از سویه‌های جدا شده از اسهال گوساله‌ها، 47 درصد به پاتوتیپEHEC، 68.15 درصد به پاتوتیپEPEC ، 68.15 درصد پاتوتیپ UPEC، 96.1 درصد به پاتوتیپETEC ، 96.1 درصد ترکیبی از پاتوتیپ‌های EPEC وUPEC بوده و 17.64 درصد سویه‌ها غیر قابل اختصاص به پاتوتیپی خاص بودند و در مورد سویه‌های جدا شده از کلی باسیلوز طیـور 62.5 درصـد بـه پـاتـوتیپAPEC ،‌ 25.31 درصد به پاتوتیپ ExPEC و 6.25 درصد سویه‌ها غیر قابل اختصاص به پاتوتیپ خاصی بودند.

نتیجه‌گیری نهایی: مطالعه حاضر نشان دهنده این امر می‌باشد که روش نوین ریزآرایهDNA ‌ در مقایسه با روش‌های مولکولی مرسوم قادر است تعداد بالایی از ژن‌های حدت را در یک زمان و در مدت زمان کوتاهی بخوبی ردیابی کرده و در تعیین پروفایل ژنتیکی و تعیین پاتوتیپ‌ها مورد استفاده قرار گیرد.‌

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Pathotyping of isolated Escherichia coli from domesticated calves and poultry using modern DNA microarray technique

نویسندگان [English]

  • Taghi Zahraei Salehi 1
  • Taghi Zahraei Salehi 2
  • Akbar Mehdizade Dastjerdi 3
  • Alfereda Tonelli 4
1
2
3
4
چکیده [English]

BACKGROUNDS: Detection of virulence factors harbored in Escherichia coli strains is important to determine a genotyping profile, and the pathotype of an Escherichia coli isolate. OBJECTIVES: The objective of this study was to determine the pathotype of E. coli strains isolated from calves and poultry domesticated in Iran by using DNA microarray technology. METHODS: In this study, 67 strains of isolated E. coli from calves and poultry (51 from calves and 16 from poultry respectively) were monitored for the presence of different virulence factors. The pathotype of each strain was made using DNA Microarray technology. The array used 109 probes for the common virulence genes of Escherichia coli and 154 probes for virulence genes that were specifically included pathotypes. RESULTS: Results showed that Escherichia coli strains from calves were 47% EHEC, 15.68% EPEC, 15.68% UPEC, 1.96% ETEC, 1.96% a combination of EPEC and UPEC, and 17.64% of strains non-specific to any of the pathotypes. In the samples from poultry, 62.5% of strains were pathotyped as APEC, 31.25% ExPEC, and 6.25% non- specific to any pathotype. CONCLUSIONS: This study revealed that DNA Microarray, as compared with other traditional molecular techniques, is a powerful tool for demonstration of the genotyping profile and pathotype of Escherichia coli strains.

کلیدواژه‌ها [English]

  • DNA Microarray
  • Escherichia coli
  • Pathotype
  • virulence factors

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار