تشخیص سروتیپ ماساچوست ویروس برونشیت عفونی طیور با روش RT-PCR

نویسندگان

چکیده

‌چکیده
بهینه RT-PCR به منظور تشخیص ویروس برونشیت عفونی طیور و تشخیص سروتیپ ماساچوست، دو آزمایش استفاده گردیده است. پس از استخراج 1S- سازی گردید. در این آزمایشات از دو جفت پرایمر اختصاصی از ژن از نمونه‌های بافتی طیور واکسینه شده و همچنین نمونه‌های بافتی کلینیکی از موارد مشکوک به برونشیت RNA عفونی، ابتدا وجود ژنوم ویروس و سپس سروتیپ ویروس در این نمونه‌ها تشخیص داده شد. با تعیین ردیف تکثیر شده مربوط به قسمتی از ژنوم ویروس می‌باشد و DNA ‌نشان داده شد که PCR نوکلئوتیدی محصولات لذا اختصاصی بودن آزمایش مورد تایید قرار گرفت. ‌این آزمایش در تشخیص ویروس برونشیت عفونی طیور بسیار اختصاصی عمل می‌نماید. با تعیین سکانس قطعه تکثیر شده یا محصول PCR ‌قادر به شناسایی اختلافات ژنتیکی PCR اختصاصی عمل می‌نماید. با تعیین سکانس قطعه تکثیر شده یا محصول موجود بین تحت تیپ‌های مختلف سروتیپ ماساچوست خواهیم بود.
واژه‌های کلیدی:ویروس برونشیت عفونی طیور ـ RT-PCRـ تشخیص سروتیپ ماساچوست.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

-

چکیده [English]

Abstract:
The aim of the present study was using RT-PCR for the diagnosis of avian infectious bronchitis virus and Massachusetts serotype in tissue samples. Optimization of a molecular diagnostic method for the detection of avian bronchitis virus and identification of Massachusetts serotype was investigated. In order to detect infectious bronchitis virus (IBV) in tissue samples, an RT-PCR was optimized. Specific primers from conserved region of all known IBV serotypes were used in the first PCR assay. Specific primers for the identification of Massachusetts serotype were selected from S-1 gene of the virus in the second PCR reaction. The S-1 gene is a hypervariable region among IBV serotypes; therefore, the amplification of this region is important for serotype identification. Viral RNA was extracted from vaccine and tissue samples from vaccinated and clinical tissue samples of suspected birds. After construction of cDNA, two PCR assays were performed. In the first RT-PCR, detection of virus in test samples was investigated and in the second PCR, Massachusetts serotype was identified. To identify the specificity of the test, PCR amplicons were sequenced. In the first reaction, the IBV was detected in the samples and a 600 bp fragment was amplified. In the second PCR, a 355 bp fragment was amplified from S-1 gene, which confirmed the detection of Massachusetts serotype. In clinical samples, the IBV was also detected. The specificity of the test was confirmed by sequencing of PCR products. Sequence data were submitted to the GenBank which could be accessible by AY954694 number. The RT-PCR is a specific assay for the detection of IBV. Detection of IBV and identification of genetic differences among IBV subtypes in Massachusetts serotype would be possible by sequencing of amplified products.
Key words: infectious bronchitis virus, RT-PCR, Massachusetts serotype detection.

کلیدواژه‌ها [English]

  • infectious bronchitis virus
  • PCR
  • Massachusetts serotype detection
  • RT