تعیین توالی وآنالیز فیلوژنتیک ژن (PB1 ) ویروس آنفولانزای پرندگان (H9N2 ) در ایران

نویسندگان

1 بخش بیماریهای طیور، بیمارستان تخصصی دامپزشکی دانشکده کشاورزی دانشگاه آزاد اسلامی واحد شوشتر

2 بخش بیماریهای طیور،آزمایشگاه ملی رفرانس آنفلوانزا موسسه واکسن وسرم سازی رازی کرج

3 بخش آسیب شناسی، دانشکده کشاورزی دانشگاه آزاد اسلامی واحد بروجرد

4 کارشناس ارشد مجتع آزمایشگاهی، دانشکده کشاورزی دانشگاه آزاد اسلامی واحد بروجرد

چکیده

زمینه مطالعه‌:‌ کمپلکس پلمیرازی ویروس‌های آنفلوانزا شامل سه زیر واحد (PB1،PB2،PA) می‌باشد که در فرایند نسخه‌برداری وتکثیر ویـروسـی نقـش دارنـد. زیر واحد ‌1PB به عنوان هسته این کمپلکس مسوول سنتز RNAویروسی است. ‌هدف: ‌بررسی مولکولی ژن ‌1PB در ویروس‌های آنفلوانزای (H9N2)پرندگان و تعیین رابطه آن باویروس‌های سایر نقاط ایران و آسیا. روش کار:‌ ‌ژن 1PB در 7 ویروس جدا شده از پرندگان گوشتی در خلال سال‌های 2009-2008 با روش RT-RCR تکثیر شده، تعیین توالی گردید و برمبنای قطعه قابل تبدیل به پروتئین (orf) درخت فیلوژنتیک رسم شد. نتایج: آنالیزفیلوژنتیک ژن ‌1PB نشان می‌دهد که ویروس‌های ایران در گروه های ناشناخته ی مجزایی قرار می‌گیرند، به عبارت دیگر در حالی که مقایسه توالی نوکلوتیدی نشان دهنده تنوع زیاد (High diversity) در بین ویروس‌ های ایران است، همولوژی بالای بـا بـرخـی تحـت گـونـه‌هـای 5H و 7H نسبـت بـه دودمـان‌هـای اوراسیـایـی استقـرار یـافتـه در آسیـا (280, G1,Korean, Y- ) دیده می‌شود. نتیجه‌گیری‌نهایی: نتایج حاصل از این تحقیق نشان می‌دهد طی سال‌های اخیر ویروس‌های ‌(H9N2) ایران متحمل بازآرایی ژنتیکی شده‌اند به طوری که ژنوتیپ‌های جدیدی در ایران تولید شده . ‌ ‌

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Sequence and phylogenetic analysis of (PB1) gene in Iranian H9N2 avian influenza viruses

نویسندگان [English]

  • masoud soltani 1
  • Abdolhamid Shoushtari 2
  • Reza Goudarzi 3
  • Hossein Vosoghi 4
چکیده [English]

Background: Viral (H9N2) polymerase complex in Avian influenza viruses is composed of the PB1, PB2, and PA protein subunits. These subunits are crucial for viral transcription and replication.The PB1 subunit forms the core of the polymerase complex. It plays a key role in RNA synthesis. Objectives: Survey on molecular characterization of PB1 gene in H9N2 viruses and determination of genetic relationship between Iranian H9N2 viruses and other Asian viruses. Methods: Seven H9N2 viruses were isolated from commercial broiler chickens in Iran during 2008-2009 and their PB1 genes were analyzed by RT-PCR and sequencing. Meanwhile, nucleotide sequences (Open Reading Frame: orf) of the PB1 genes were used for phylogenetic tree construction. Results: Phylogenetic analysis of the PB1 gene showed that all Iranian viruses form a separate unknown sublineage. On the other hand, while nucleotide sequence comparisons indicated high genetic diversity in Iranian viruses, a close homology (95-96%) was shown with H5 or H7 subtypes when compared with established H9N2 Eurasian sublineages (G1, Korean and Y280-like). Conclusions: The results indicate that H9N2 viruses in Iran have undergone striking reassortment to generate some new genotypes.

کلیدواژه‌ها [English]

  • avian influenza viruses
  • Iran.
  • PB1 gene
  • Phylogenetic analysis

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار