بررسی خصوصیات چند شکلی‌های تک نوکلئوتیدی در ناحیه َ5 ژن لاکتوفرین در گاوهای بومی و هلشتاین ایران

نویسندگان

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی دانشگاه یاسوج، یاسوج– ایران

چکیده

زمینه مطالعه: لاکتوفرین، گلیکوپروتیین متصل شونده به آهن، دارای نقش‌های فیزیولوژیکی متعددی می باشد که مهمترین آنها خواص آنتی میکروبی است. از این رو ژن کد کننده این پروتیین می تواند به عنوان ژن کاندیدایی در مقاومت به بیماری ورم پستان در نظر گرفته شود. هدف: بررسی ناحیه َ5 ژن لاکتوفرین گاو در نمونه‌های بومی و هلشتاین با استفاده از روش ‌PCR-SSCP‌ و تعیین توالی می باشد. روش کار: برای این منظور از تعداد 50 نمونه گاو بومی و 50 نمونه گاو هلشتاین ماده ژنتیکی استخراج گردید. آغازگرهای لازم جهت تکثیر بخشی از ناحیه َ5 ‌طراحی، و قطعه مورد نظر توسط روش SSCP تعیین ژنوتیپ شد. سپس هر الگوی مشاهده شده تعیین توالی گردید و همترازی توالی‌ها جهت شناسایی چند شکلی‌های تک نـوکلئـوتیـدی صـورت گـرفت. همچنین، تجزیه و تحلیل این سیلیکو‌(In silico)‌ جهت تأثیر چند شکلی‌های تک نوکلئوتیدی برجایگاه اتصال فاکتورهای رونویسی در ناحیه تکثیر شده صورت گرفت. نتایج:‌ ‌در این تحقیق، در تمام نمونه‌های مورد بررسی 3 الگوی واضح ) SSCP‌A، B و (C‌ برای قطعه تکثیر شده مشاهده شد که در گاو‌های بومی تنها‌هاپلوتیپ ‌C‌ آشکار گردید. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی توالی‌ها نشان داد که جایگزینی ‌T‌ با ‌G‌ در جایگاه 602 منجر به ایجاد جایگاه اتصالی برای فاکتور رونویسی ‌1AML-‌ گردید. از طرف دیگر، جایگزینی ‌T‌ با ‌C‌ در جایگاه 586 جایگاه اتصال فاکتور رونویسی 1AML-‌ را منسوخ می کند. نتیجه گیری نهایی: بنابراین، جهت استفاده از ژن لاکتوفرین به عنوان نشانگر مقاومت به بیماری ورم پستان در گاوهای شیری، بررسی این چند شکلی‌ها از نظر تأثیر بر فرآیند رونویسی ژن، همچنین ارتباط آن با تعداد سلول‌های سوماتیکی شیر امری ضروری می باشد.
 

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Characterization of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the 5'-flanking region of bovine lactoferrin gene in the local and holstein cattle of Iran

نویسندگان [English]

  • Mustafa Muhaghegh Dolatabady
  • Javad Habibizad
  • Farahnaz Imanikhah
Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture, Yasouj University, Yasouj-Iran
چکیده [English]

BACKGROUND: Lactoferrin (Lf), an iron binding glycoprotein, has a variety of
physiological roles and its foremost is antimicrobial properties. Therefore, the lactoferrin
gene can be considered as a potential candidate gene for resistance to mastitis. OBJECTIVES:
This study was carried out to determine the haplotype frequency of the 5'-flanking region of
bovine lactoferrin gene in local and Holstein cattle breeds of Iran using PCR-SSCPand DNA
sequencing. METHODS: Genomic DNA was isolated from 100 blood samples of two cattle
breeds (50 Local, 50 Holstein). Two new primer pairs were designed from Lf sequence to
amplify a part of 5'-flanking region of the gene. The amplified fragment was screened by
single strand conformation polymorphism (SSCP) and DNA sequencing. The multiple
alignments were carried out for the nucleotide sequences of different SSCPpatterns. In silico
analysis of identified single nucleotide polymorphisms (SNPs) within the 5'-flanking region
of bovine Lf gene was screened, to identify any association on transcription factor binding
affinity. REULTS: Analysis of the whole samples revealed three SSCP patterns (A, B and C)
for amplified fragment that C haplotype was the only variant identified in local breed samples.
The bioinformatics analysis revealed that the Tto G trans version at position -602 created an
AML-1 transcription binding site in combined genotype A. In -586 position, Tto C transition
abolished binding site of AML-1 transcription factor. CONCLUSIONS: Therefore, to apply Lf
gene for marker-assisted selection, additional studies are required to evaluate the functional
role of these identified polymorphic sites on gene expression and somatic cell counts in cattle.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Cattle
  • 5'-flanling region of lactoferrin
  • Haplotype
  • SNP
  • transcription factors

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار