تمییز آلل‏ های MHC سگ (DLA-DRB1) با روش تحلیل دقیق دمای شکافت DNA

نوع مقاله : هماتولوژی و بیوشیمی درمانگاهی

نویسندگان

1 گروه بیماریهای داخلی، دانشکده دامپزشکی دانشگاه تهران، تهران، ایران

2 گروه میکروبیولوژی و ایمونولوژی، دانشکده دامپزشکی دانشگاه تهران، تهران، ایران

چکیده

زمینه مطالعه: نقش مهم مولکول‏های مجتمع عمده پذیرش بافتی (MHC) اتصال به پپتید‌های پادگنی و عرضه آن‌ها به لنفوسیت‏های T است. از اینرو تنوع MHC با حساسیت و یا مقاومت در برابر بسیاری از بیماری‏های عفونی و بیماری های خودایمن مرتبط است. یک روش نوین بررسی تنوع ژنتیکی، تحلیل دقیق دمای شکافت (HRM-High Resolution Melting) DNA است که می توان آنرا برای بررسی تنوع MHC به کار برد. هدف: تمییز آلل‏ های MHC سگ (DLA-DRB1) با روش تحلیل دقیق دمای شکافت DNA روش کار: تعداد 40 نمونه خون از سگ های ارجاعی به بیمارستان دام‏های کوچک دانشکده دامپزشکی دانشگاه تهران جمع آوری گردید. پس از استخراج DNA و افزوده سازی اگزون دوم ژن DLA-DRB1، تحلیل HRM و منحنی ذوب صورت گرفت. برای تطبیق الگوهای HRM با توالی نوکلئوتیدی آلل ها، از روش تعیین توالی مستقیم استفاده شد. نتایج: بر اساس تنوع مشاهده شده در نتایج HRM و منحنی ذوب، 40 نمونه به 8 ژنوتیپ (A تا H) قابل تقسیم‏بندی بودند. بیشترین فراوانی مربوط به تیپ A (00/25 %) و سپس تیپ C و E (هر کدام 00/15 %) بود. در مجموع 5/82 % نمونه ها هتروزیگوت و 5/17 % نمونه ها هوموزیگوت بودند. نتیجه گیری: مطالعه حاضر اولین مطالعه‏ای است که برای تایپیگ آلل‏های ژن DLA-DRB1 از تکنیک HRM استفاده شده است. تطبیق نتایج HRM با توالی آلل ها نشان داد که این روش می‏تواند برای تفکیک آلل‏های DLA-DRB1 به کار رود.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Discrimination of dog MHC (DLA-DRB1) alleles by high-resolution melt analysis

نویسندگان [English]

  • Seyed Milad Vahedi 1
  • Shahram Jamshidi 1
  • Leila Lankari Mohaje 1
  • Gholamraza Nikbakhat Brujeni 2
1 1Department of Internal Medicine, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran, Iran
2 2Department of Microbiology and Immunology, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran, Iran
چکیده [English]

BACKGROUND: The function of molecules of major histocompatibility complex (MHC) is to bind antigenic peptides and display them on the cell surface for recognition by T cells. MHC polymorphism is related to suseptibility or resistance to immune-mediated and infectious diseases. High Resolution Melt (HRM) analysis is a novel and powerful technique in molecular biology for the detection of genetic polymorphisms and can be used for discrimination of MHC alleles and genotyping. OBJECTIVES: Discrimination of dog MHC alleles (DLA-DRB1) by high-resolution melt analysis. METHODS: Forty blood samples were collected from dogs referred to Small Animal Teaching Hospital of faculty of veterinary medicine, University of Tehran. After DNA extraction and amplification the exon 2 of DLA-DRB1, HRM and Melt Curve analysis was carried out. Direct sequencing was used for checking the HRM patterns. RESULTS: Following the HRM and Melt curve analysis, forty samples could be classified into 8 genotypes (A to H). Most frequent was A (25.00%) and then C and E (each one 15.00%). In total, 82.5% and 17.5% of samples were heterozygote and homozygote, respectively. CONCLUSIONS: In this study, the HRM technique was used for DLA-DRB1 gene alleles typing for the first time. Confirmation HRM results through sequencing results revealed that HRM can be used for discrimination of DLA-DRB1 alleles.

کلیدواژه‌ها [English]

  • MHC
  • Dog
  • DLA-DRB1
  • HRM

مراجع

Angles, J.M., Kennedy, L.J., Pedersen, N.C. (2005) Frequency and distribution of alleles of canine MHC-II DLA-DQB1, DLA-DQA1 and DLA-DRB1 in 25 representative American Kennel Club breeds. Tissue Antigens. 66: 173-184.##
Apanius, V., Penn, D., Slev, P.R., Ruff, L.R., Potts, W.K. (1997) The nature of selection on the major histocompatibility complex. Crit Rev Immunol. 17: 179-224.##
Barrientos, L.S., Zapata, G., Crespi, J.A., Posik, D.M., Diaz, S., It, V., Peral-Garcia, P., Giovambattista, G. (2013) A study of the association betweem chronic superficial keratitis and polymorphisms in the upstream regulatory regions of the DLA-DRB1, DLA-DQB1 and DLA-DQA1. Vet. Immunol Immunopathol. 15(156): 3-4.##
Bernatchez, L., Landry, C. (2003) MHC studies innonmodel vertebrates: what have we learnedabout natural selection in 15 years? J Evol Biol. 16: 363-77.##
Chaudhuri, S., Cariappa, A., Tang, M., Bell, D., Haber, D.A., Isselbacher, K.J., Finkelstein, D., Forcione, D., Pillai, S. (2000) Genetic susceptibility to breast cancer: HLA DQB*03032 and HLA DRB1*11 may represent protective alleles. PNAS. 97(21): 11451-11454.##
Cui, G., Zhang, L., Xu, Y., Cianflone, K., Ding, H., Wang, D.W. (2013) Development of a high resolution melting method for genotyping of risk HLA-DQA1 and PLA2R1 alleles and ethnic distribution of these risk alleles. Gene. 514(2):125-130.##
De, S. Singh, R.K., Butchaiah, G. (2002) MHC-DRB exon 2 allele polymorphism in Indian River buffalo (Bubalusbubalis). Anim Genet. 33(3):215-219.##
Dyggve, H., Kennedy, L.J., Meri, S., Spillman, T., Lohi, H., Speeti, M. (2011) Association of Doberman hepatitis to canine major histocompatibility complex II. Tissue Antigens. 77(1):30-35.##
Hughes, A.M., Jokinen, P., Bannasch, D.L., Lohi, H., Pberbauer, A.M. (2010) Association of a dog leukocyte antigen class II haplotype with hypoadrenocortism in Nova Scotia Duck Tolling Retrievers. Tissue Antigens. 75(6):684-690.##
Kennedy, L.J., O`Neill, T., House, A., Barnes, A., Kyostila, K., Innes, J., Frestwell, N., Day, M.J., Catchpole, B., Lohi, H., Ollier, W.E. (2008) risk of anal furunculosis in German shepherd dogs is associated with the major histocompatibility complex. Tissue Antigens. 71(1):51-56.##
Lin, Z., Xin, Y., Dong, Q., Wang, Q., Jiang, X., Zhan, S., Sun, Y., Xuan, S. (2010) Association between HLA-DRB1 alleles polymorphism and hepatocellular carcinoma: a meta-analysis. BMC Gastroenterol. 10:145.##
Lundgren, A., Kim, S., Stadnisky, M.D., Brown, M.G. (2012) Rapid discrimination of MHC class I and killer cell lectin-like receptor allele variants by high-resolution melt analysis. Immunogenetics. 64:633-640.##
Paterson, S. (1998) Evidence for balancing selection at the major histocompatibility complex in a free living ruminant. J Hered. 89: 289-94.##
Pipalia, D.L., Joshi, C.G., Rank, D.N., Brahmshktri, B.P. andSolanki, J.V. (2004) PCR-SSCP typing of MHC in cattle and buffaloes. Indian J Anim Sci. 74(6): 637-639.##
Planelles, D., Nagore, E., Moret, A., Botella-Estrada, R., Vila, E., Guille´n, C., Montoro, J.A. (2006) HLA class II polymorphisms in Spanish melanoma patients: homozygosity for HLA DQA1 locus can be a potential melanoma risk factor. Br J Dermatol. 154:261-266.##
Quinnell, R.J., Kennedy, L.J., Barnes, A., Courtenay, O., Dye, C.,Garcez, L.M., Shaw, M., Carter, S.D., Thomson, W.,Ollier, W.E.R. (2003) Susceptibility to visceral leishmaniasis in the domestic dog is associated with MHC class II polymorphism. Immunogenetics. 55: 23-8.##
Takeshima, S., Ikegami, M., Morita, M., Nakai Y., and Aida Y. (2001) Identification of New Cattle BoLA-DRB3 Alleles by Sequence-Based Typing. J. Immunogenetics, 53(1), 74-81.##
Tizard, I. R. (2009) Veterinary Immunology. (9th ed.) Saunders, Philadelphia, USA. p. 70-81.##
Wagner, J.L. (2003) Molecular Organization of the Canine Major Histocompatibility Complex. J Hered. 94(1):23-26. ##
Wagner, J.L., Burnett, R.C., Storb, R. (1999) Organization of the canine major histocompatibility complex current perspectives. The American genetic association. 90:35-38.##
Wenink, P.W., Groen, A.F., Roelke-Parker, M.E. and Prins, H.H. (1998) African buffalo maintain highgenetic diversity in the major histocompatibility complex in spite of historically known population bottlenecks. Molecular Ecol. 7: 1315-132.##
Wilbe, M., Jokinen, P., Hermanrud, C., Kennedy, L.J., Strandberg, E., Hansson-Hamlin, H., Lohi, H., Andersson, G. (2009) MHC class II polymorphism is associated with a canine SLE-related disease complex. Immunogenetics. 61:557-564.##
Zhou, L., Vandersteen, J., Wang, L., Fuller, T., Taylor, M., Palais, B., Wittwer, C.T. (2004) High-resolution DNA melting curve analysis to establish HLA genotypic identity. Tissue Antigens. 64(2):156-64.##
مجله تحقیقات دامپزشکی (Journal of Veterinary Research)
دوره 73، شماره 1
فروردین 1397
صفحه 93-100

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار