بررسی ایمونوانفورماتیکی پروتئین تروپومیوزین کنه بوافیلوس

نویسندگان

1 دانش آموخته ‌ایمنی شناسی، دانشکده دامپزشکی دانشگاه تهران، تهران–ایران

2 گروه انگل شناسی، دانشکده دامپزشکی دانشگاه تهران و مرکز کنه شناسی و بیماریهای منتقل شونده توسط آن، تهران–ایران

3 آزمایشگاه مرکزی دکتر رستگار دانشکده دامپزشکی دانشگاه تهران،تهران–ایران

4 گروه میکروبیولوژی، دانشکده دامپزشکی دانشگاه تهران،تهران–ایران

5 گروه انگل شناسی، دانشکده دامپزشکی دانشگاه تخصصی فن‌آوری‌های نوین آمل، آمل–ایران

چکیده

زمینه مطالعه: کنه بوافیلوس‌ ‌سبب انتقال برخی از اجرام پاتوژن و کاهش تولید در گاو می‌شود. پروتئین تروپومیوزین، تنظیم گر فعالیت اکتین بـوده و نقـش مهمـی در واکنش‌های ایمنی، آلرژی و تهیه واکسن دارد. هدف: روش‌های مرسوم شناسایی دقیق شاخص‌های آنتی ژنتیک (اپی توپ‌ها)،  طاقت فرسا، زمان بر و پرهزینه است، لذا توجه ما در این مطالعه به سمت توسعه روش‌های سریع تر نظیر پیشگویی اپی توپ‌های احتمالی مورد شناسایی سلول‌ B‌ و ‌+4TCD‌، مبتنی بر توالی و ساختار پروتئین می‌باشد. روش کار: از گستره وسیعی از برنامه‌ها و ابزارهای ایمونوانفورماتیک جهت آنالیز آنتی ژنسیتی، فراوانی ساختار ثانویه پروتئین و دومن‌ها، فاکتورهای فیزیکوشیمیایی مرتبط با مکان اپی توپ‌های خطی ،اپی توپ‌های سلول ‌B‌، قطعات پپتیدی متصل شونده به آلل‌های MHC کلاس 2 گاو  استفاده گردید. نتایج: آنالیز پروتئین با الگوریتم‌های مختلف و انتخاب‌ ‌اپی تـــوپ‌هـــای مـــورد تـــوافـــق در بـیـشـتــر ابــزارهــا مـنـجـر بـه بـه‌دسـت آمـدن سـه پپتیـد بـرگـزیـده  بـا خـاصیـت اپـی تـوپـی بـرای سلـول B 80-62-EQLSQANSKLEEKDKALQA-COOH) AA2(NH‌، ‌185-170-AMVEADLERAEERAETG-COOH) AA2(NH  و 218-200-VGNNLKSLEVSEEKALQKEET-COOH)AA2(NH ‌و یـــــــک پـــپـــتـــیـــــــد بــــــرای سلـــــول T 207-192-LEEELRVVGNNLKSL-COOH) AA2(NH گـردیـد. نتیجه گیری نهایی: جهت تحریک رضایت بخش سیستم ایمنی تنها قطعاتی از پـروتئیـن (اپی توپ‌ها) کافی می‌باشد. انتخاب اپی توپ‌های بهینه سبب تمرکزپاسخ ایمنی و تهیه واکسن مناسب شده و از پاسخ‌های آلرژیک و نامطلوب می‌کاهد.
 

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Immunoinformatic survey of Boophilus tick tropomyosin protein

نویسندگان [English]

  • Mohammad medi Ranjbar 1
  • Sedigheh Nabian 2
  • Mohammad Taheri 3
  • Gholamraza Nikbakhat 4
  • Ali Nikpei 5
1 Department of Immunology, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran- Iran
2 Department of Parasitology and Tick and Tick Born Diseases center, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran- Iran
3 Rastegar Central Laboratory, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran- Iran
4 Department of Microbiology, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran- Iran
5 Faculty of Veterinary Medicine, Amol University of Special Modern Technology, Amol-Iran
چکیده [English]

BACKGROUND: Boophilus tick is responsible for the transmission of some pathogens (types of germs) and the reduction of fertility in Cattles. Tropomyosin protein plays an important role in regulating actin function, immune and allergic reactions and vaccine production. OBJECTIVES: Accurate identification of antigenic determinants (epitopes) is difficult, time consuming and not economic, thus we focused on development of rapid methods such as prediction based on sequence and structure of protein. METHODS: A wide array of Immunoinformatics softwares and tools were used for the analysis of antigenicity, frequency in protein secondary structure and domains, physic-chemical factors related to region of linear epitopes, B cell epitopes, and binding peptide segments to MHC II alleles in cattle. RESULTS: Protein analysis with different algorithms and evaluated accuracy of our result with different profiles of protein results in 3 selected epitopes (AA62-80(NH2-EQLSQANSKLEEKDKALQA-COOH), AA170-185(NH2-AMVEADLERAEERAETG-COOH) and AA200-218 (NH2-VGNNLKSLEVSEEKALQKEET-COOH)) for B cell and a epitope AA192-207(NH2-LEEELRVVGNNLKSL-COOH) for T cell. CONCLUSIONS: For desirable stimulation of immune system, only some segments of protein (epitopes) are enough. Selecting efficient epitopes causes concentration immune responses, preparation suitable vaccine and reduces allergic and adverse responses.
 

کلیدواژه‌ها [English]

  • Boophilus tick
  • epitopes
  • immunoinformatic
  • tropomyosin protein

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار